Fundada em 19 de dezembro de 1912, portanto completou cento e dez anos na segunda (19), por Arnaldo Vieira de Carvalho. A Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP) tem como instituição mãe a Universidade de São Paulo, se trata de uma escola médica de excelência no ensino de Medicina no Brasil. Como sentido histórico nessa comemoração foram adotados os elementos que compõem o novo simbolo da faculdade, e agregando pelo subscritor um pouco mais sobre a sua trajetória desde a fundação. É a única Faculdade de Medicina da América Latina participante do M8 Alliance e alocada entre as cem melhores do mundo.
Foi fundada com o nome de Faculdade de Medicina e Cirurgia de São Paulo por Arnaldo Vieira de Carvalho, que viveu entre 1867 e 1920, médico formado em 1888 pela Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro. Em homenagem ao ilustre fundador, a faculdade é ainda hoje chamada de a Casa de Arnaldo por seus alunos e ex-alunos. Em 1925 teve seu nome alterado para Faculdade de Medicina de São Paulo, e em 1934, foi incorporada à recém-criada Universidade de São Paulo, passando a ter a atual designação. Está localizada na Avenida Doutor Arnaldo, em frente ao Cemitério do Araçá, na cidade de São Paulo, no bairro de Pinheiros. Por esse motivo, é também muito conhecida por Faculdade de Medicina de Pinheiros, ou Medicina-Pinheiros.
Fundada oficialmente em 24 de novembro de 1891 pela Lei nº 19,como Academia de Medicina, Cirurgia e Pharmacia de São Paulo, foi implantada em 19 de dezembro de 1912, pelo Governador do estado de São Paulo, Francisco de Paula Rodrigues Alves, o que levou à criação do curso da Escola de Medicina e Cirurgia de São Paulo. Em abril do ano seguinte, o Governador anuncia a inauguração da Faculdade de Medicina e Cirurgia e confia a direção da mesma ao cirurgião Arnaldo Vieira de Carvalho. A aula inaugural da rebatizada Faculdade de Medicina e Cirurgia de São Paulo foi ministrada apenas em 02 de abril de 1913, no salão nobre da Escola Politécnica por Edmundo Xavier.
O seu centro acadêmico, nomeado em homenagem a Oswaldo Cruz, foi fundado no mesmo ano. As primeiras nomeações de professores aptos a dar aula na faculdade sairam em 1913, entre elas, destacam-se: Edmundo Xavier como físico médico, Celestino Bourroul na área de física médica e historia natural médica e outros. Naquele mesmo ano ocorreu a nomeação dos doutores João de Aguiar Pupo como preparador de química médica e Guilherme Bastos Milward, na especialidade de química médica. No começo de sua trajetória, a faculdade foi instalada nas dependências da Escola Politécnica e da Escola de Comércio Álvares Penteado. Em seguida foi transferida para um prédio alugado, localizado na Rua Brigadeiro Tobias.
Nos fundos das instalações, foi construído um anfiteatro, onde funcionavam as cadeiras de anatomia, física, química, fisiologia, história natural entre outras. Um pouco mais à frente na mesma rua, tinha um outro prédio alugado pela universidade, que era a antiga residência da Marquesa de Santos. Neste espaço atuavam as cadeiras de histologia, anatomia patológica, microbiologia e patologia clínica. A pedra fundamental da sede própria da Escola foi lançada em 25 de janeiro de 1920, em frente ao Cemitério do Araçá. Foi o último grande gesto público de Arnaldo Vieira de Carvalho, que morreu prematuramente meses mais tarde.
O edifício que hoje alberga a faculdade foi concebido por Ernesto de Sousa Campos, Luís de Resende Puech e Benedito Montenegro. Construído a partir de 1928, pela Construtora Siciliano e Silva do Eng. Heribal-do Siciliano em grande parte com recursos da Fundação Rockefeller, o prédio foi inaugurado em 1931. As relações entre a Fundação Rockefeller e a faculdade muito contribuíram para o aprimoramento do curso de graduação.
A antiga Avenida Municipal, em frente à Faculdade, mais tarde foi renomeada Avenida Dr. Arnaldo, em homenagem ao fundador. As aulas práticas de clínica e cirurgia continuaram a ser ministradas na Santa Casa de Misericórdia de São Paulo, até 1944, quando foi inaugurado o Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, hoje considerado o maior complexo hospitalar da América Latina. Em 1955, foi incluída no sistema estadual de ensino superior.
Em 5 de junho de 1977, é inaugurado o Museu Histórico da Faculdade, que relembra tanto os feitos da casa quanto da medicina no país inteiro. Sua data de inauguração foi escolhida considerando que tal data também marcava a morte de Arnaldo Augusto Vieira de Carvalho, ocorrida em 5 de junho de 1920. No museu se encontravam retratos a óleo, de autoria de artistas como Portinari e Alfredo Rocco, além de bustos de antigos professores, um deles realizado por Tarsila do Amaral.
Além disso, acolhia condecorações de professores, fotografias e outras coleções. Na área da divulgação existiram a Revista de Medicina, o periódico Annaes da Universidade e o Bisturi o primeiro jornal. A faculdade continua sendo um destaque e elevada referência no país, sendo o curso mais concorrido do vestibular da FUVEST, com nota de corte de 81 pontos no vestibular para o ano letivo de 2023, e a anotação da disputa de cento e vinte cinco alunos por vaga na última prova. A centenária escola se trata do modelo exemplar de opção para os futuros médicos.